Genotipagem de Variantes SARS CoV 2 por RT PCR
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O vírus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2 (SARS-CoV-2) é um vírus RNA de fita simples que causa a Doença do Coronavírus 2019 (COVID-19). Desde o final de 2020, publicações científicas evidenciaram a emergência de um conjunto de mutações específicas com identificação de variantes em diferentes regiões do mundo. As Variantes de Preocupação (VOCs), Variantes de Interesse (VOIs) e sob Monitoramento (VUMs) apresentam um conjunto específico de mutações em diversas regiões do genoma viral, mas especialmente no gene S. Este gene é responsável pela codificação da proteína da espícula, que medeia o contato com o receptor celular Enzima Conversora de Angiotensina 2 (ECA-2). Concomitantemente a identificação das variantes, houve alterações no perfil epidemiológico da COVID-19 evidenciando aumento na transmissibilidade, maior gravidade da doença e redução da neutralização dos anticorpos induzidos pelas vacinas. Essas variantes apresentam vantagens sobre o vírus original tornando-se rapidamente o vírus preponderante nos locais afetados.
O COVVAR é capaz de identificar as Variantes de Preocupação (VOCs): Gama (P.1), Alfa (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Delta (B.1.671.2) e Ômicron (B.1.1.529), a Variante sob Monitoramento (VUM): Kapa (B.1.671.1) e outras como: Zeta (P.2), e P.4 pela genotipagem de sete regiões específicas do gene S, caracterizando assim, a presença ou não das mutações N501Y, K417T, K417N, E484K, L452R, E484Q e P681R.
A mutação N501Y está presente nas variantes Gama (P.1), Alfa (B.1.1.7), Beta (B.1.351) e Ômicron (B.1.1.529) e está associada a maior infectividade por aumentar a interação entre o receptor viral (RBD: do inglês, domínio do sítio de ligação do receptor) ao receptor ECA-2. Estudos vem demonstrando que essas variantes podem também estar associadas a maior transmissibilidade e gravidade do quadro clínico.
A variante Gama (P.1) foi identificada pela primeira vez em Janeiro de 2021 em turistas japoneses retornando da cidade de Manaus - AM. A variante Gama (P.1) contém 17 mutações, sendo que 10 encontram-se no gene S, dentre elas: N501Y, K417T e E484K.
A variante Alfa (B.1.1.7) foi identificada no final de 2020 no Reino Unido (UK). No entanto, uma análise retrospectiva evidenciou sua presença desde Setembro de 2020. A mutação N501Y está presente nesta variante e é implicada com o aumento de cerca de 50% na transmissibilidade, além denaumento da gravidade e mortalidade.
A variante Zeta (P.2), foi identificada no estado do Rio de Janeiro em 2020 e é caracterizada pela presença da mutação E484K.
A variante Beta (B.1.351) foi identificada pela primeira vez no Sul da África. Essa variante apresenta um aumento de cerca de 50% na transmissibilidade e reduz a suscetibilidade ao tratamento com os anticorpos monoclonais Banlanivimabe e Etesevimabe.
As variantes Delta (B.1.671.2) e Kapa (B.1.671.1) foram isoladas inicialmente na Índia. A variante Kapa (B.1.671.1) classificada como VUM, apresenta as mutações L452R, E484Q e P681R. A variante Delta (B.1.671.2) foi classificada como VOC e apresenta as mutações L452R e P681R.
A variante P.4 foi isolada inicialmente nos meses de junho e julho de 2020 em São Paulo. Essa variante apresenta a mutação L452R isolada.
A variante Ômicron (B.1.1.529), denominada pela OMS como Variante de Preocupação (VOC), foi relatada pela primeira na África do Sul em Novembro de 2021. Esta variante possui uma ampla gama de mutações localizadas no gene S, dentre elas: N501Y e K417N.
O teste foi validado com amostras de swab nasal previamente sequenciadas demonstrando alta eficiência de reação.